En 1842, la 1^ère Section de la Chambre demande la suppression de la Marine Royale mettant en cause des frais trop élevés. Durant l’année 1844, la flotte est ramenée de quinze à sept unités, pour passé l’année suivante à cinq unités. En avril 1848, le brick Duc de Brabant est provisoirement désarmé ; mis quelques années plus tard à la disposition de la commission des mines sous-marines, il coulera dans l’Escaut en 1863. L'opposition se faisant de plus en plus fréquente contraint le Ministre des Affaires étrangères, Charles Rogier (1800 – 1885), dont dépend la Marine, d’annoncer que le pays renonce à avoir une marine militaire.

Le 11 avril 1862, la dénomination Marine Royale est remplacée par celle de Marine de l’Etat qui n’a plus rien de militaire. Seul le service des malles conservent la flamme de guerre. L’Administration de la Marine conservera néanmoins le caractère militaire jusqu'en 1876.

En 1902, à la suite de la réorganisation de l’armée et des modifications apportées aux lois sur la milice, une compagnie spéciale de torpilleurs et artificiers du génie est créée. Cette compagnie est affectée à la défense de l’Escaut, et à la protection du port et de la ville d’Anvers contre toute attaque venant du nord. Elle est casernée au fort de la Perle, à Kallo, une redoute de la position fortifiée d’Anvers. 

En 1910, un Service de Défense côtière et fluviale est constitué ; des chaloupes-canonnières lui sont affectées quand éclate la guerre. Devant l’avance allemande, nos chaloupes-canonnières essaient de descendre l’Escaut, dans le but d’atteindre Ostende. Elles sont toutefois arraisonnées en chemin par la marine néerlandaise, les Pays-Bas, neutres dans ce conflit, interdisant le passage à tout navire belligérant. 

L’État-major général de l'armée belge s’installe près de Calais et décide de constituer, le 13 octobre 1914, le Service des Annexes flottantes. Le conflit persistant, l’armée crée le Dépôt des Équipages, qui comptera 800 hommes en 1918, servant à bord de navires belges et français. La guerre terminée, le Dépôt des Équipages est réorganisé et rebaptisé Détachement de Torpilleurs et Marins, qui à son tour devient, en 1923, le Corps de Torpilleurs et Marins. À la même époque, la Belgique abandonne sa politique de neutralité et signe un accord militaire avec la France, qui nous prête le croiseur d’Entrecasteaux ; il sert de navire-caserne-école.

Cependant l’existence du Corps de Torpilleurs et Marins sera de courte durée : les budgets de la Défense étant fortement rabotés, la Belgique doit abandonner à nouveau sa marine militaire en mars 1927.