Dès la capitulation, l’occupation de la Belgique est marqué par les préparatifs de l’opération « Seelöwe » (otarie ou lion de mer) – le projet  de débarquement allemand en Grande-Bretagne (retardé à fin 1940, il sera définitivement abandonné en 1943) - et ensuite par la guerre des mines.

Durant les années 1940 et 1941, sous la tutelle du Seeko Flandern (commandement naval des Flandres), trois ports de la côte belge deviennent des commanderies (Hafenkommandant). Il y a tout d'abord Zeebrugge/Blankenberge, ensuite Ostende et enfin Nieuport. La Kriegsmarine met aussi sur pied des dépôts dont le principal est situé à Ostende (Marineversorgungsstelle) et le second à Nieuport. La ville d'Ostende abrite également le service de l'administration de la marine de guerre (Marineausrüstungssstelle : administration du budget et du personnel et le ravitaillement des unités).

En décembre 1941, une restructuration a lieu et le commandement naval des Flandres passe sous l’autorité du Seeko Pas-de-Calais. Ce nouveau commandement naval contrôle un territoire s'étendant de la Somme à la frontière hollandaise. En 1943, Le secteur Zeebrugge/Brugge est rattaché  à l'Admiral Niederland.

Le port d’Anvers et l’Escaut seront placés sous l’autorité de l’Amiral commandant les côtes de la Hollande (Admiral Niederland). La formation des équipages devant intégrés les unités de l’Admiral der Nordsee (Amiral de la mer du Nord) sera donnée au camp de Beverloo  et à Helchteren, entre 1943 et 1944.

Durant le conflit, diverses flottilles sont basées dans les ports de Bruges et d’Ostende : la 36. Minensuchflottille (flottille de dragueurs de mines), à Ostende ; la 18. Vorpostenflottille (flottille de patrouilleurs), à Bruges ; la 8. Räumbootsflottille (flottille de vedettes-dragueurs), à Bruges ; les 2.et 8. Schnellbootsflottillen (flottille de vedettes rapides), à Ostende. 

En dehors des unités navigantes, la Kriegsmarine installe à Bruges, en 1942, la Marinepeilabteilung Flandern (service goniométrique de la Marine en Flandre). Cette unité contrôle un secteur qui s’étend de Den Helder (Pays-Bas) jusqu’à Etretat (France) avec la tâche de repéré et décodé les émissions des forces navales alliées. Compte tenu de son importance ses installations seront bombardées par l’aviation de la coalition une semaine avant le débarquement en Normandie.

La partie belge de l’« Atlantikwall » est défendue, à la veille du débarquement, par la Marine-Artillerie-Abteilung (MAA) 203 en place entre Blankenberge et Flessingue et par la MAA 204  entre Ostende et Dunkerque. En septembre 1944, les troupes canadiennes avancent depuis la Côte d'Albâtre pour se rendre maître des ports et anéantir les troupes allemandes qui les défendent. Au fur et à mesure de cette avance, les unités de l’artillerie de marine se trouvant sur notre littoral sont dissoutes en tant que tel et rejoignent  les unités de l’Armée de Terre (Wehrmacht), qui refluent vers les Pays-Bas.

La Kriegsmarine en Belgique